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yum update を実行したときに、

** Found 17 pre-existing rpmdb problem(s), 'yum check' output follows:
device-mapper-1.02.117-12.el6_9.1.x86_64 は device-mapper-1.02.117-12.el6.x86_64 の複製です
device-mapper-event-1.02.117-12.el6_9.1.x86_64 は device-mapper-event-1.02.117-12.el6.x86_64 の複製です
device-mapper-event-libs-1.02.117-12.el6_9.1.x86_64 は device-mapper-event-libs-1.02.117-12.el6.x86_64 の複製です
device-mapper-libs-1.02.117-12.el6_9.1.x86_64 は device-mapper-libs-1.02.117-12.el6.x86_64 の複製です
httpd-tools-2.2.15-60.el6.centos.6.x86_64 は httpd-tools-2.2.15-60.el6.centos.5.x86_64 の複製です
kernel-firmware-2.6.32-696.16.1.el6.noarch は kernel-firmware-2.6.32-696.13.2.el6.noarch の複製です
kexec-tools-2.0.0-307.el6_9.1.x86_64 は kexec-tools-2.0.0-307.el6.x86_64 の複製 です
kpartx-0.4.9-100.el6_9.1.x86_64 は kpartx-0.4.9-100.el6.x86_64 の複製です
libblkid-2.17.2-12.28.el6_9.1.x86_64 は libblkid-2.17.2-12.28.el6.x86_64 の複製 です
libuuid-2.17.2-12.28.el6_9.1.x86_64 は libuuid-2.17.2-12.28.el6.x86_64 の複製で す
lvm2-libs-2.02.143-12.el6_9.1.x86_64 は lvm2-libs-2.02.143-12.el6.x86_64 の複製 です
mysql-community-client-5.6.38-2.el6.x86_64 は mysql-community-client-5.6.37-2.el6.x86_64 の複製です
mysql-community-common-5.6.38-2.el6.x86_64 は mysql-community-common-5.6.37-2.el6.x86_64 の複製です
mysql-community-libs-5.6.38-2.el6.x86_64 は mysql-community-libs-5.6.37-2.el6.x86_64 の複製です
ntp-4.2.6p5-12.el6.centos.1.x86_64 は ntp-4.2.6p5-10.el6.centos.2.x86_64 の複製 です
ntp-4.2.6p5-12.el6.centos.1.x86_64 は次の要求が不足ています:  ntpdate = ('0', '4.2.6p5', '12.el6.centos.1')
util-linux-ng-2.17.2-12.28.el6_9.1.x86_64 は util-linux-ng-2.17.2-12.28.el6.x86_64 の複製です

なんてエラーが出てきたのでググってみた。

結論
rpm 情報を格納する DB (rpmdb) にレコードの重複があった。 package-cleanup --cleandupes を実行した後で、再度 yum update を実行すると、無事アップデートできた。
重複の確認は rpm -q パッケージ名 してやればわかる。